Bei der Stadt Kiel übernahm Bbr. Marheineke 1969 die Leitung des Olympiareferats der Stadt und war zwischen 1973 und 1987 für verschiedene Ministerien des Landes Schleswig-Holstein tätig. Seine berufliche Laufbahn führte ihn aus der Landeshauptstadt Kiel über die Leitung der Abteilung Kiel des Olympischen Organisationskomitees München 1972 für die Olympischen Segelwettbewerbe zunächst zur Landesregierung Schleswig-Holstein. Von dort holte Berthold Beitz 1987 den Ministerialrat als Generalsekretär in den Vorstand der Essener Alfried Krupp-von Bohlen und Halbach-Stiftung, der Eigentümerin des gesamten Krupp-Konzerns und größten Aktionärin von Thyssen Krupp. Dort wirkte Horst Dieter Marheineke bis zu seinem Ausscheiden im Jahr 2000.
In seinen beruflichen und ehrenamtlichen Positionen war Bundesbruder Marheineke besonders der Stadt und Universität GreifswaId durch seine Mitgliedschaft im Wissenschaftlichen Beirat der Stiftung Alfried Krupp-Kolleg Greifswald eng verbunden. Er stand der Förderabteilung vor und begleitete die Gründung des Alfried Krupp-Wissenschaftskollegs Greifswald. Dort wurden über 30 Millionen Euro aufgewendet und vielfältige Vorhaben der Universität gefördert. Heute wird das Bild der Stadt unter anderem durch den Neubau der Universitätsklinik für Hämatologie und Onkologie sowie das Alfried Krupp-Wissenschaftskolleg im historischen Stadtzentrum sichtbar geprägt. Die Universität zeichnete ihn im 550. Jubiläumsjahr der Universitätsgründung am 7. Juli 2006 mit der Ehrendoktorwürde der Medizinischen Fakultät aus. Horst Dieter Marheineke lag auch das Alfried Krupp-Krankenhaus der Stiftung in Essen am Herzen, eine der bedeutendsten medizinischen Einrichtungen der Ruhrregion. Von 1987 bis 1999 war er dort Mitglied der Geschäftsführung.
Horst Dieter Marheineke war verwitwet und hatte drei Kinder. R.I.P.